Publicación Científica: Analyzing Thalamocortical Tract-Tracing Experiments in a Common Reference Space. Timonidis y cols., Neuroinformatics (2023).
En colaboración con investigadores de la Universidad Radboud de Nimega (Holanda), los alumnos de doctorado Mario Rubio y Carmen Alonso y los profesores María García-Amado y Francisco Clascá han publicado en la revista internacional “Neuroinformatics” un nuevo flujo de herramientas de software que permite el registro 3D de experimentos de marcado axónico en el Allen Mouse Common Coordinate Space (CCS) del cerebro de ratón. El CCS es el nuevo sistema internacional de representación digital tridimensional de “big data” del cerebro murino (https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420304025).
Publicado en acceso abierto, el nuevo flujo permitirá ahora a los investigadores de todo el mundo registrar en CCS las conexiones de grupos de neuronas del cerebro del ratón marcadas en sus experimentos neuroanatómicos, a partir de los cortes histológicos seriados que se usan habitualmente en este tipo de experimentos. Al ser registrados, los datos pueden hacerse accesibles a toda la comunidad científica, lo que viabiliza su durabilidad y reutilización, y hace posible su análisis integrado mediante herramientas “big data”. El flujo incluye herramientas que ejecutan la segmentación, registro, integración y análisis de los axones marcados a partir de imágenes digitales. Su avance clave es que los datos histológicos se transforman de manera no-lineal para ajustarse al CCS, lo que aumenta notablemente la precisión y consistencia. La herramienta es accesible con conocimientos básicos de programación a través de un Jupyter Notebook, y ofrece múltiples herramientas de visualización, como mapas planos de la corteza cerebral, gráficos de estructuras subcorticales y representaciones 3D, y puede además utilizarse con delineaciones anatómicas personalizadas.
El nuevo flujo de herramientas es uno de los resultados del proyecto multinacional “NeuronsReunited” del Programa FLAG-ERA, en los que participan neurocientíficos, físicos e ingenieros informáticos de Holanda, Alemania, Italia y España. La UAM participa en este a través del grupo que dirigen los Dres. Francisco Clascá y Lucia Prensa.
Timonidis N, Rubio-Teves M, Alonso-Martínez C, Bakker R, García-Amado M, Tiesinga P, Clascá F. Analyzing Thalamocortical Tract-Tracing Experiments in a Common Reference Space. Neuroinformatics. 2023 Oct 21.
https://link.springer.com/article/10.1007/s12021-023-09644-4